小咒
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咒文有全咒及心咒两个版本。在日本流传的有大咒、中咒、小咒三个版本：当中的大咒即详版，中咒即简版。而小咒的咒文是：
“
唵 呼嚧呼嚧 战驮利 摩撜祇 莎诃（オン コロコロ センダリ マトウギ ソワカ）
”
日本学者佐藤任认为在其他地方的传承均没有“小咒”，其实可能是在日本把《无能胜明王真言》错当成为药师真言的“小咒”。[1]
然而佐藤任的观点却是因为未能阅读足够的文献而有所疏漏的。在唐代阿地瞿多翻译的《陀罗尼集经》卷二⟨药师琉璃光佛印咒第二十五⟩便收有此小咒。[2]而唐代金刚智翻译的《药师如来观行仪轨法》同样也记载了这个小咒。[3]
全咒
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维基文库中的相关原始文献：十小咒/药师灌顶真言
药师灌顶真言（全咒）：
“
南无薄伽伐帝。鞞杀社。窭噜薜琉璃。 钵喇婆。喝啰阇也。
怛他揭多也。阿啰喝帝。三藐三勃陀耶。怛侄他。
唵。鞞杀逝。鞞杀逝。鞞萨社。三没揭帝。莎诃。（药师琉璃光七佛本愿功德经）
námó bóqiéfádì, píshāshè, jùlū bìliúlí, bōlǎpó, hèlàshéyě,
dátuōjiēduōyē, ē là hè dì, sānmiǎo sānbótuóyē, dázhítuō,
ān, píshāshì, píshāshì, píshāshè, sānmòjiēdì, suōhē.（现代汉语拼音）
namo bhagavate bhaiṣajya-guru vaiḍūrya prabha rājāya
tathāgatāya arhate samyaksambuddhāya tadyathā:
oṃ bhaiṣajye bhaiṣajye bhaiṣajya-samudgate svāhā.（梵语）
南无世尊 药-师 琉璃 光 王
如来 应供 正等正觉 即说咒曰：
唵 药 药 药效-升起 娑婆诃（圆满）。（梵语原义）
南摩巴嘎哇帝 白沙佳 古鲁 外度利亚 钵拉巴拉佳亚
大塔嘎大亚 阿尔哈帝 三藐三布达亚 大地亚塔
唵 白沙界 白沙界 白沙佳沙母嘎帝 娑哇 哈（现代汉语音译）
”
心咒
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“
怛侄他。唵，鞞杀逝，鞞杀逝，鞞杀社，三没揭帝，娑婆诃。
tadyathā, oṃ bhaiṣajye bhaiṣajye bhaiṣajya samudgate svāhā
即说咒曰：嗡 药在 药在 药 发生效力 圆满成就
”
藏文版本的简版“药师心咒”自“tadyathā”开始至“svāhā”结束，但音与梵文有别，汉译作“喋雅他 嗡 贝勘则 贝勘则 玛哈贝勘则 喇杂萨目 嘎喋 梭哈”[4]。其中的“玛哈贝勘则，喇杂，萨目嘎喋”即将“bhaiṣajya-samudgate”换作“mahābhaiṣajye-raja-samudgate”，汉文读作“摩诃鞞杀逝，啰阇，三没揭帝”。
“
ཏདྱ་ཐཱ། ཨོཾ་བྷཻ་ཥ་ཛྱེ་བྷཻ་ཥ་ཛྱེ་མ་ཧཱ་བྷཻ་ཥ་ཛྱེ་རཱ་ཛ་ས་མུདྒ་ཏེ་སྭཱ་ཧཱ།
Teyatʰa: oṃ bekʰandze bekʰandze maha bekʰandze radza samudgate soha.
”